Сюжет фильма разворачивается через некоторое время после событий первого фильма. Черепашки-ниндзя все еще борются с преступностью в Нью-Йорке. Они стали знаменитыми благодаря своим отважным действиям и завоевали симпатию горожан.

Тем временем Шреддер планирует отомстить черепашкам. Он нанимает ученого Бакстера Стокмана, чтобы тот создал мутаген для превращения его союзников Бибопа и Рокстеди в супермутантов.

Однако, помимо Шреддера, у черепашек появляется новый враг - Крэнг из Измерения Х. Он хочет захватить Землю. Теперь черепашкам нужно спасти не только Нью-Йорк, но и всю планету. В этой ситуации им помогает их подруга Эйприл О’Нил.