В центре сюжета находится группа храбрых воинов, уже не один раз спасавших город от опасностей и готовых вернуться в любой момент на помощь. Однажды в одном из городов происходит множество странных инцидентов, и главный герой начинает собственное расследование этого загадочного происшествия. Появляется информация о том, что зловещий Шредер задумал погрузить город во тьму, и Черепашки-Нинзя вместе со своим верным другом, молодым журналистом Эйприлл, должны противостоять ему и помешать осуществить его злодейский замысел.